Προτείνεται στο Δικαστήριο να αποφανθεί ως ακολούθως:
1) Το πρακτικό επεξεργασίας του Συμβουλίου της Επικρατείας της 8ης Απριλίου, το οποίο προσκόμισε η Επιτροπή στις 16 Ιουνίου 2015, γίνεται δεκτό ως αποδεικτικό μέσο.
2) Η Ελληνική Δημοκρατία παρέβη το άρθρο 6, παράγραφος 2, και το άρθρο 12, παράγραφος 1, στοιχείο β΄, της οδηγίας 92/43/ΕΟΚ για τη διατήρηση των φυσικών οικοτόπων καθώς και της άγριας πανίδας και χλωρίδας, όσον αφορά τον τόπο διατηρήσεως «Θίνες Κυπαρισσίας» (Natura 2000-Code GR2550005),
– επιτρέποντας την κατασκευή κατοικιών στην περιοχή Αγιαννάκη, κατά το έτος 2010, όπως επίσης και τη χρήση άλλων κατοικιών από το έτος 2006, και διατηρώντας σε ισχύ τις άδειες τριών κατοικιών στην περιοχή Βουνάκι,
– παραλείποντας να περιορίσει τη χρήση διαδρόμων κατά τρόπο ώστε να αποτρέψει επιβλαβείς επιδράσεις στην περιοχή και σημαντικές ενοχλήσεις της θαλάσσιας χελώνας Caretta caretta κατά την αναπαραγωγή της, εγκρίνοντας ή και κατασκευάζοντας έναν δρόμο παράλληλο προς τη σιδηροδρομική γραμμή, ο οποίος συνδέει το Καλό Νερό με την Ελαία, και επιτρέποντας την ασφαλτόστρωση διαδρόμων,
– μη επιβάλλοντας επαρκώς την απαγόρευση του «ελεύθερου κάμπινγκ»,
– παραλείποντας να περιορίσει επαρκώς τη λειτουργία παραλιακών μπαρ στις παραλίες αναπαραγωγής της θαλάσσιας χελώνας Caretta caretta,
– παραλείποντας να περιορίσει επαρκώς την ενοικίαση εξοπλισμού παραλίας και την τοποθέτηση ξύλινων διαδρόμων στις παραλίες αναπαραγωγής της θαλάσσιας χελώνας Caretta caretta,
– παραλείποντας να περιορίσει επαρκώς τη φωτορρύπανση στις παραλίες αναπαραγωγής της θαλάσσιας χελώνας Caretta caretta και
– παραλείποντας να περιορίσει επαρκώς την αλιευτική δραστηριότητα μπροστά στις παραλίες αναπαραγωγής της θαλάσσιας χελώνας Caretta caretta.
3) Η Ελληνική Δημοκρατία παρέβη το άρθρο 6, παράγραφος 3, της οδηγίας 92/43/ΕΟΚ, χορηγώντας το 2012 άδεια κατασκευής τριών εξοχικών κατοικιών κοντά στο Βουνάκι, στην περιοχή «Θίνες Κυπαρισσίας», χωρίς προηγουμένως να εκτιμήσει δεόντως το εν λόγω σχέδιο ως προς τις επιπτώσεις του στην περιοχή, λαμβανομένων υπόψη των στόχων διατηρήσεώς της.
4) Η Ελληνική Δημοκρατία παρέβη το άρθρο 12, παράγραφος 1, στοιχείο β΄, της οδηγίας 92/43/ΕΟΚ, επιτρέποντας κατασκευαστικές εργασίες στον Αγιαννάκη, κοντά στις παραλίες αναπαραγωγής της θαλάσσιας χελώνας Caretta caretta.
5) Η Ελληνική Δημοκρατία παρέβη το άρθρο 12, παράγραφος 1, στοιχεία β΄ και δ΄, της οδηγίας 92/43/ΕΟΚ, παραλείποντας να θεσπίσει πλήρες νομοθετικό πλαίσιο για την προστασία της θαλάσσιας χελώνας Caretta caretta στον τόπο διατηρήσεως «Θίνες Κυπαρισσίας».
6) Να απορρίψει κατά τα λοιπά την προσφυγή.